《本草经集注》七卷，梁-陶弘景撰，约成书于5世纪末。此书以《神农本草经》为基础，补入魏晋年间诸名医增添的内容(即《名医别录》)，加上陶弘景本人的注释而成。全书共收药物730种，其中《神农本草经》365种，《名医别录》365种。书前首列“序录”及作者释文，其下是药物各论，诸药分隶于玉石、草木、虫兽、果、菜、米食6类，又把基原不明或已经不用之药归入“有名未用”类。此分类法以药物自然属性分类，比《神农本草经》的三品分类法先进。在此书之前，世间流传的《神农本草经》、《名医别录》、内容均较混乱，《本草经集注》采用统一体例整理各药条文，成为早期经典本草的范本。陶弘景注文及其创设的“诸病通用药”、“七情表”等，丰富了早期药学理论，并方便临床用药。书中用朱笔写《本经》，墨字书写《名医别录》，个人见解则用小字注于药物正文之后，使全书出处分明，源流清晰，后世药书多继承这种严格标注文献出处的传统，使中国本草学文献脉络明晰。作者在注文中补充大量有关药物形态、鉴别、产地、效用等内容，对确定药材品种，保证用药安全均有重要意义。另外，书中补充了众多药物制剂、炮炙、采收、剂量等资料，又在序录中设“解百药及金石等毒例”，此为最早之中药解毒专篇。总之，陶弘景《本草经集注》所创立的本草分类法及新体例，多为后世本草著作所仿效。
《本草经集注》原书仅存残篇，因其主要内容被收入《证类本草》，故得以保存至今。现有日本森立之所辑《重辑神农本草经集注》七卷（1847年）、1961年尚志钧辑《本草经集注》传世。